Ingénieur d'Étude en Charge d'Identification Moléculaire de Communautés Benthique Réf. Rpsi45 H/F - 29

La Station biologique de Roscoff (SBR) est un centre de recherche et d'enseignement en biologie et écologie marines. Elle est sous la double tutelle du CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) et de Sorbonne Université. La Station biologique possède un double statut :

- ­Fédération de recherche CNRS (FR2424), créée le 1er janvier 2002
­
- Service général de Sorbonne Université (SG n°37, UFR 937)

Au sein de la SBR, l'UMR 7144 « Adaptation et Diversité en Milieu Marin » regroupe 85 agents (50 titulaires et 35 contractuels) dont 31 chercheurs et enseignants-chercheurs, et est structurée en quatre équipes de recherche :

- Ecogéochimie et dynamique des écosystèmes marins (EDYMAR)
- Ecologie du Plancton Marine (ECOMAP)
- Ecophysiologie des Invertebrés Marins (ECOPHY)
- Dispersion, Spéciation et Evolution des EspècesMarines (DiSEEM)

L'équipe EDYMAR « Ecogéochimie et dynamique des écosystèmes marins » vise à évaluer la diversité et les processus écologiques dans les environnements marins, ainsi que les cycles biogéochimiques le long du continuum terre-mer dans le contexte des changements globaux. L'équipe étudie les réponses de la biodiversité marine à l'anthropisation, au changement climatique, à l'eutrophisation côtière, aux systèmes artificiels et à l'exploitation des écosystèmes côtiers, ainsi que l'impact sur leurs services. Ces recherches reposent sur une forte expertise en écologie expérimentale in situ et en laboratoire,des réseaux d'observation côtière.Fonctions : Ingénieur-e d'étude en charge d'identification moléculaire de communautés benthique: de la collecte à l'assignation taxinomique
Emploi-type : Ingénieur-e en études d'environnements géo-naturels et anthropisés - A2D47
Catégorie : A
Corps : IGE
BAP : A

CDD de 24 mois.

A pourvoir à compter du 01/04/2026.

Mission :

Contexte: Ce poste s'inscrit dans le projet STABILO.
La mission principale de l'agent-e est de développer, d'adapter et de mettre en oeuvre un ensemble de méthode et technique d'inventaire et de suivi par métabarcoding. Sous la responsabilité des chercheurs impliqués (JC Leclerc, E Thiébaut, C Daguin-Thiébaut, T Comtet, DISEEM), il/elle aura plus particulièrement à charge le second objectif du projet (Intercalibrer et tester la pertinence méthodologique d'une approche de métabarcoding ADN vis-à-vis d'une approche basée sur la morphologie pour caractériser la diversité d'une communauté), et contribuera ainsi indirectement aux trois autres. Ce travail s'intègre également dans le projet de thèse de V Ferrari, avec qui l'agent interagira régulièrement.

Activités principales :

L'ingénieur.e participera à l'organisation du suivi des communautés et de l'échantillonnage sur le terrain (15%) :

- Organiser et participer à la collecte en mer (plongée) des échantillons benthiques (macroalgues, macrofaune) en partenariat avec les agents/collaborateurs en charge des suivis
- Préparer le matériel spécifique pour la collecte des échantillons en vue d'analyse de métabarcoding
- Organiser et adapter les techniques de traitement des échantillons au retour au laboratoire (pré-tri et adaptation de la méthode de fixation, cf. identification morphologique ou métabarcoding)

Il/elle sera responsable de l'acquisition des données de métabarcoding(75 %) :

- Concevoir, mettre en oeuvre et adapter des techniques de biologie moléculaire pour analyser des échantillons benthiques par métabarcoding
- Réaliser des extractions d'ADN et d'amplification de marqueurs pour le métabarcoding des communautés benthiques. Organiser la production des données de métabarcoding (séquençage). Réaliser les analyses bioinformatiques des données de métabarcoding, en mettant en place des pipelines informatiques intégrant le nettoyage et l'assignation des séquences à des bases de données de référence.
- Gérer des bases de données de référence, en contribuant à leur enrichissement par de nouvelles séquences le cas échéant
- Mettre en place une démarche qualité de l'ensemble du processus de l'échantillonnage à l'analyse des données, dans le respect des principes F.A.I.R.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activités
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité

Suite des missions dans la rubrique "Conditions particulières d'exercice"