Ingénieur de Recherche Bio-Informaticien en Génomique Comparative Réf. Scsi15 H/F - 29

Structure d'affectation (composante/direction/service) :

La personne recrutée travaillera au sein de la plate-forme de bioinformatique et d'analyse ABiMS et en collaboration avec le consortium ANR Sexisol piloté au sein de l'UMR 7144 à Roscoff.

ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/) est une plate-forme de bioinformatique intégrée à l'institut français de bioinformatique travaillant en étroite collaboration avec plusieurs groupes de recherche au sein de la station biologique ainsi que des collaborateurs externes. Elle fournit son expertise en analyse de données et développements logiciels , des outils et une infrastructure informatique performante permettant d'assurer un environnement efficace pour une recherche intégrée.

Lieu d'affectation (campus...) :

La Station Biologique de Roscoff (SBR) est un centre de recherche en biologie marine et océanologie (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). Il est situé dans la ville de Roscoff sur la côte nord de la Bretagne, à environ 60 km à l'Est de Brest. Le personnel du SBR comprend environ 300 employés dont 150 permanents.Fonctions : Ingénieur-e de recherche bio-informaticien en génomique comparative
Catégorie : A
Corps : IGR
BAP : A
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données - A1A41

CDD de 18 mois.

Poste à pourvoir à compter du 1er septembre 2025.

Mission et positionnement dans l'organisation :

La Plateforme de bioinformatique ABIMS de la Station biologique de Roscoff, en collaboration avec l'équipe Diseem (Dispersion, spéciation et évolution des espèces marines) de l'unité de recherche UMR 7144, ouvre un contrat de 18 mois d'ingénieur de recherche en génomique comparative et évolutive.

L'absence d'attirance sexuelle entre populations distinctes est un puissant moteur de spéciation. L'ANR SEXISOL (porteur Thomas Broquet) vise à comprendre comment ces mécanismes d'isolement sexuel évoluent, en testant l'hypothèse selon laquelle la sélection sexuelle divergente en est à l'origine, et en explorant le rôle des chromosomes sexuels et des remaniements chromosomiques dans cette évolution.

Activités principales :

Le/la candidat·e aura pour objectif d'analyser des données de séquençage de génomes provenant d'un complexe de cinq isopodes marins (Jaera albifrons) qui serviront ensuite à l'étude des mécanismes de l'évolution de l'isolement sexuel dans ce groupe d'organismes au sein du consortium de l'ANR sexisol.

La personne recrutée sera chargée de l'assemblage au niveau haplotypique, ainsi que de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes des quatre espèces européennes du complexe Jaera albifrons. Les données à traiter seront issues en particulier d'une stratégie de séquençage en trio qui se compose de données de type long-reads HiFi pour plusieurs individus barcodés individuellement et de données short-reads pour leurs parents, dans le but d'identifier et assembler séparément les haplotypes parentaux transmis par la mère et le père. Ces données seront obtenues pour plusieurs individus de plusieurs familles (trios) de 1 à 4 espèces différentes. Pour en faciliter l'assemblage, ces données seront éventuellement à combiner avec des cartes de liaison obtenues précédemment avec des marqueurs dd-RAD seq. La personne recrutée sera également amenée à prendre en charge des assemblages de transcriptomes individuels pour ce même groupe d'espèces.

Conduite de projets : Non

Encadrement : Non