Ingénieur de Recherche Bio-Informaticien en Génomique Comparative Réf. Scsi15 H/F - 29

Fonctions : Ingénieur-e de recherche bio-informaticien en génomique comparative
Catégorie : A
Corps : IGR
BAP : A
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données - A1A41

CDD de 18 mois.

Poste à pourvoir à compter du 1er septembre 2025.

Mission et positionnement dans l'organisation :

La Plateforme de bioinformatique ABIMS de la Station biologique de Roscoff, en collaboration avec l'équipe Diseem (Dispersion, spéciation et évolution des espèces marines) de l'unité de recherche UMR 7144, ouvre un contrat de 18 mois d'ingénieur de recherche en génomique comparative et évolutive.

L'absence d'attirance sexuelle entre populations distinctes est un puissant moteur de spéciation. L'ANR SEXISOL (porteur Thomas Broquet) vise à comprendre comment ces mécanismes d'isolement sexuel évoluent, en testant l'hypothèse selon laquelle la sélection sexuelle divergente en est à l'origine, et en explorant le rôle des chromosomes sexuels et des remaniements chromosomiques dans cette évolution.

Activités principales :

Le/la candidat·e aura pour objectif d'analyser des données de séquençage de génomes provenant d'un complexe de cinq isopodes marins (Jaera albifrons) qui serviront ensuite à l'étude des mécanismes de l'évolution de l'isolement sexuel dans ce groupe d'organismes au sein du consortium de l'ANR sexisol.

La personne recrutée sera chargée de l'assemblage au niveau haplotypique, ainsi que de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes des quatre espèces européennes du complexe Jaera albifrons. Les données à traiter seront issues en particulier d'une stratégie de séquençage en trio qui se compose de données de type long-reads HiFi pour plusieurs individus barcodés individuellement et de données short-reads pour leurs parents, dans le but d'identifier et assembler séparément les haplotypes parentaux transmis par la mère et le père. Ces données seront obtenues pour plusieurs individus de plusieurs familles (trios) de 1 à 4 espèces différentes. Pour en faciliter l'assemblage, ces données seront éventuellement à combiner avec des cartes de liaison obtenues précédemment avec des marqueurs dd-RAD seq. La personne recrutée sera également amenée à prendre en charge des assemblages de transcriptomes individuels pour ce même groupe d'espèces.

Conduite de projets : Non

Encadrement : Non